Javnozdravstvena mikrobiologija je dio Djelatnosti za zdravstvenu ekologiju. Uloga joj je:

Praćenje mikrobioloških parametara kao parametara zdravstvene ispravnosti:

• namirnica životinjskog i biljnog podrjetla (žitarica i proizvoda, pekarskih proizvoda, voća i proizvoda od voća, povrća i proizvoda od povrća, biljnih ulja i masti, meda, kave, začina, čajeva, mesa i proizvoda od mesa, mlijeka i mliječnih proizvoda, jaja i proizvoda od jaja, slatkovodnih i morskih riba te gotovih jela)

Mikrobiološki parametri zdravstvene ispravnosti namirnica

• aerobne mezofilne bakterije
• aerobne sporogene bakterije
• Enterobacteriaceae
• Enterococcus spp.
• Escherichia coli
• kvasci
• Listeria monocytogenes
• plijesni
• Salmonella spp
• Staphylococcus aureus
• sulfitreducirajuće klostridije

Praćenje mikrobioloških pokazatelja u:

• svim tipovima vodoopskrbnih objekata (vodozahvat, vodosprema i mreža)
• vodama iz javnih i privatnih objekata (cisterni, bunara, bušotina, brodskih tankova i raznih drugih spremnika vode)
• vodama iz originalne ambalaže (mineralna, izvorska i stolna voda) te površinskim vodama (rijeke, jezera, izvori)
• bazenima (za kupanje, rekreaciju i rehabilitaciju)

Mikrobiološki pokazatelji u vodi

• ukupni koliformi
• Escherichia coli
• Enterokoki
• Broj kolonija 37ºC
• Broj kolonija 22ºC
• Clostridium perfringens (uključujući spore)
• Pseudomonas aeruginosa
• Salmonella spp.

Odjel ispituje koncentraciju peludnih zrnaca u zraku, mikrobiološku čistoću objekata u kojima se priprema i poslužuje hrana, te  mikrobiološku čistoću zraka u ventilacijskim sustavima.

U sklopu Odjela za javnozdravstvenu mikrobiologiju obavlja se kontrola mikrobiološke čistoće objekata pod sanitarnim nadzorom:

• ispitivanje briseva površina postrojenja, opreme, uređaja, pribora, prijevoznih sredstava i ruku osoba koje u poslovanju s hranom dolaze u dodir s hranom i predmetima opće uporabe i/ili u obavljanju djelatnosti pružanja usluga pučanstvu.

Ispitivanje briseva i prosuđivanje mikrobiološke čistoće objekata pod sanitarnim nadzorom vrši se sukladno Pravilniku o učestalosti kontrole i normativima mikrobiološke čistoće u objektima pod sanitarnim nadzorom (N.N 137/09).

Ispitivanje briseva obuhvaća određivanje broja aerobnih mezofilnih bakterija i enterobakterija.

Zavod za javno zdravstvo s objektima koji se bave proizvodnjom i prometom namirnicama (ugostiteljski objekti, mali obrti, industrije, škole, vrtići, domovi za starije i nemoćne i sl.) sklapa ugovore na temelju kojih se vrši sistematska kontrola briseva i namirnica.