Mikrobiologija

O djelatnosti

Djelatnost za kliničku mikrobiologiju je organizacijska jedinica Zavoda za javno zdravstvo Varaždinske županije koja provodi specijalističko-dijagnostičku zdravstvenu zaštitu prema jedinstveno utvrđenoj medicinskoj doktrini, pravilima struke i načelima medicinske etike i deontologije. Djelatnost obavlja javno zdravstvenu mikrobiološku djelatnost od interesa za Županiju putem specifičnog laboratorijskog rada koji uključuje mikrobiološka ispitivanja iz područja bakteriologije, virologije, parazitologije i mikologije.

Djelatnost pruža usluge kliničke mikrobiologije za:

Opću bolnicu Varaždin sa Službom za plućne bolesti
TBC Klenovnik
Službom za kronične bolesti Novi Marof
Specijalnu bolnicu za medicinsku rehabilitaciju Varaždinske Toplice
ordinacije primarne zdravstvene zaštite te privatne zdravstvene ustanove u Varaždinskoj županiji

Djelatnost za kliničku mikrobiologiju akreditirana je kod Hrvatske akreditacijske agencije prema normi HRN EN ISO 15189, Medicinski laboratoriji – zahtjevi za kvalitetu i osposoblljenost za odabrana ispitivanja iz područja bakteriologije i virologije.

Ustroj

Popis mikrobioloških pretraga

U našem laboratoriju obavljamo slijedeće pretrage:

PRETRAGA	METODA	UZORAK	VRIJEME ZAVRŠETKA NALAZA
PRETRAGE UZORAKA UROGENITALNOG SUSTAVA
Bakteriološka pretraga urina (urinokultura)	Kultura i broj CFU/ml urina MALDI TOF identifikacija bakterijskih vrsta Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Srednji mlaz prvog jutarnjeg urina, urin iz vrećice, urin dobiven kateterizacijom, urin dobiven suprapubičnom punkcijom, urin iz urostome	4 radna dana
Mikološka pretraga urina	Kultura i broj CFU/ml urina MALDI TOF identifikacija kvasaca Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Srednji mlaz prvog jutarnjeg urina, urin iz vrećice, urin dobiven kateterizacijom, urin dobiven suprapubičnom punkcijom, urin iz urostome	6 radnih dana
Dokazivanje prisutnosti DNA parazita Trichomonas vaginalis	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (Real- Time PCR)	Prvi mlaz prvog jutarnjeg urina Bris uretre Bris cerviksa	do 4 radna dana
Bakteriološki i mikološki bris uretre	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija ili kvasaca iz genitalnog uzorka Mikroskopski preparat	Bris uretre *bris uretre se može uzeti samo ako je od prethodnog mokrenja prošlo najmanje 2 sata	4 radna dana za bakteriološku pretragu, iako je veliki postotak nalaza završen za 2 radna dana 6 radnih dana za mikološku pretragu
Bakteriološka pretraga na Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum	Kultivacija Test osjetljivosti na komercijalnim podlogama	Bris uretre Bris cerviksa Ejakulat Eksprimat prostate Prvi mlaz prvog jutarnjeg urina	4 radna dana, iako je veliki postotak nalaza završen za 2 radna dana
Dokazivanje prisutnosti DNA bakterije Chlamydia trachomatis	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (Real- Time PCR)	Bris uretre Bris cerviksa Bris spojnice oka Prvi mlaz prvog jutarnjeg urina	4 radna dana
Dokazivanje prisutnosti DNA parazita Trichomonas vaginalis	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu ( Real -Time PCR)	Bris uretre Bris cerviksa Prvi mlaz prvog jutarnjeg urina	4 radna dana
Dokazivanje prisutnosti DNA bakterije Mycoplasma genitalium	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (Real- Time PCR)	Bris cerviksa Bris uretre Prvi mlaz prvog jutarnjeg urina	4 radna dana
Dokazivanje DNA genotipova visokog rizika humanog papiloma virusa (HPV)	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (Real- Time PCR)	Bris cerviksa Bris uretre	10 radnih dana
Skrining na βHS B kod trudnica	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija iz genitalnih uzoraka Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Bris ulaska rodnice i rektuma (kombinirani)	4 radna dana, iako je veliki postotak nalaza završen za 2 radna dana
Bakteriološka i mikološka pretraga brisa rodnice	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca iz genitalnog uzorka Mikroskopski preparat Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Bris rodnice	4 radna dana za bakteriološku pretragu 6 radnih dana za mikološku pretragu
Bakteriološka i mikološka pretraga eksprimata prostate	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca iz genitalnog uzorka Mikroskopski preparat Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Eksprimat prostate	4 radna dana za bakteriološku pretragu, iako je veliki postotak nalaza završen za 2 radna dana 6 radnih dana za mikološku pretragu
Bakteriološka i mikološka pretraga brisa cerviksa	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca iz genitalnog uzorka Mikroskopski preparat Testiranje osjetljivosti	Bris cerviksa	4 radna dana, iako je veliki postotak nalaza završen za 2 radna dana 6 radnih dana za mikološku pretragu
Bakteriološka i mikološka pretraga amnionske tekućine, aspirat Bartolinijeve žlijezde, transvaginalni aspirat endometrija, sadržaj kiretaže, sadržaj kuldocenteze	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca Mikroskopski preparat Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Amnionska tekućina, aspirat Bartolinijeve žlijezde, transvaginalni aspirat endometrija, sadržaj kiretaže, sadržaj kuldocenteze	4 radna dana za bakteriološku pretragu (Ako kliničar sumnja na spororastuće bakterije (npr. Aktinomicete), tada to obavezno mora naznačiti na uputnici jer se u tom slučaju produžuje inkubacija i nalaz se završava za 14 radnih dana) 6 radnih dana za mikološku pretragu
PRETRAGE INFEKCIJA PROBAVNOG SUSTAVA
Bakteriološka pretraga stolica (kultura) na Salmonela spp., Shigella spp. , Campylobacter spp. ,Yersinia spp. , EPEC, EHEC, Vibrio spp.	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Salmonella spp i Shigella spp Kultivacija MALDI TOF identifikacija Yersinia enterocolitica Kultivacija, MALDI TOF identifikacija Campylobacter spp Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Stolica (formirana ili tekuća)	za 4 radna dana, iako je veliki postotak nalaza završen za dva dana
Virusološka pretraga stolica – Rotavirus, Adenovirus	Detekcija antigena imunokromatografskim testom	Stolica (formirana ili tekuća)	Isti ili sljedeći radni dan
Dokaz antigena *Helicobacter pylori* u stilici	Detekcija antigena imunokromatografskim testom	Stolica (formirana ili tekuća)	Isti ili sljedeći radni dan
Mikrobiološka dijagnostika infekcija uzrokovanih bakterijom Clostridioides difficile	Brzi imunoenzimski test na GDH Brzi imunoenzimski test na toksin A/B Izotermno umnožavanje DNA posredovano petljama	Stolica (tekuća ili kašasta)	Isti ili sljedeći radni dan
Sindromska kvalitativna multipleks molekularna dijagnostika za detekciju uzročnika infekcija gastrointestinalnog sustava (bakterije, virusi i paraziti) PCR multiplex -GASTROINTESTINALNI PANEL	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (MULTIPLEX PCR)	Stolica (formirana ili tekuća)	1 radni dan
PARAZITOLOŠKE PRETRAGE
Stolica parazitološki	Mikroskopski pregled nativnog preparata MIFC- in house metoda koncentracije fekalnih parazita Mikroskopski pregled koncentriranih uzoraka	Stolica (formirana ili tekuća)	Isti ili sljedeći radni dan
Stolica parazitološki na *Cryptosporidium parvum/ hominis*	Brzi imunokromatografski test mikroskopiranje obojenog preparata	Stolica (tekuća)	Isti ili sljedeći radni dan
Stolica parazitološki na *Entamoeba histolytica/dispar*	Brzi imunokromatografski test	Stolica (formirana ili tekuća)	Isti ili sljedeći radni dan
Perianalni otisak na *E. vermicularis*	Mikroskopski preparat	Perianalni otisak	1 radni dan
Razmaz periferne krvi (malarija, afrička tripanosomijaza, filarije; rjeđe uzročnici Chagasove bolesti, kala-azara i toksoplazmoze)	Mikroskopski preparat	Gusta kap krvi Krvni razmaz	1 radni dan
Strugotine kože na *S.scabiei*	Mikroskopski preparat strugotina	Strugotine kože	1 radni dan
PRETRAGE UZORAKA RESPIRATORNOG SUSTAVA
Bakteriološka i mikološka pretraga brisa spojnice oka	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Bris spojnice oka	4 radna dana za bakteriološku pretragu 6 radnih dana za mikološku pretragu
Bakteriološka i mikološka pretraga brisa zvukovoda	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca Identifikacija plijesni Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Bris zvukovoda	4 radna dana za bakteriološku pretragu 6 radnih dana za mikološku pretragu
Bris nosa – kliconoštvo na *S. aureus* i MRSA	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Bris nosa	4 radna dana
Bakteriološka i mikološka pretraga sadržaja dobivenog timpanocentezom	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Sadržaj dobiven timpanocentezom	4 radna dana
Sindromska kvalitativna multipleks molekularna dijagnostika za detekciju uzročnika infekcija gornjeg dišnog sustava (bakterije, virusi) – PCR multiplex RESPIRATORNI PANEL	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (MULTIPLEX PCR)	Bris nazofarinksa	1 radni dan
Detekcija RNA virusa SARS-CoV-2	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (PCR)	Bris nazofarinksa	1 radni dan
Brza molekularna dijagnostika virusa SARS-CoV-2	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (PCR)	Bris nazofarinksa	1 radni dan
Brza molekularna dijagnostika virusa influence A i B	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (PCR)	Bris nazofarinksa	1 radni dan
Ispirak nazofarinksa na RSV	Brzi imunokromatografski test	Ispirak nazofarinksa	Isti ili sljedeći radni dan
Ispirak i bris nazofarinksa na respiratorne adenoviruse	Brzi imunokromatografski test	Ispirak i bris nazofarinksa	Isti ili sljedeći radni dan
Bris nazofarinksa- kliconoštvo na *N.meningitidis* i βHS-A	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Bris nazofarinksa	4 radna dana
Bris nazofarinska na Bordetella pertussis/parapertussis	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (PCR)	Bris nazofarinksa	1 radni dan
Brizi antigenski test na βHS-A	Brzi imunokromatografski test	Bris ždrijela	Isti ili sljedeći radni dan
Bris ždrijela na βHS-A	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Bris ždrijela	4 radna dana
Bakteriološka i mikološka pretraga uzoraka iz donjeg dišnog sustava	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija I kvasaca Identifikacija plijesni Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Aspirat bronha Aspirat traheje BAL Sputum	4 radna dana za bakteriološke pretrage, iako je veliki postotak nalaza završen za dva dana 6 radnih dana za mikološke pretrage
Sindromska kvalitativna multipleks molekularna dijagnostika za detekciju uzročnika infekcija donjeg dišnog sustava (bakterije, virusi, geni rezistencije) PCR multiplex PNEUMONIJA PANEL	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (MULTIPLEX PCR)	Aspirat traheje BAL Sputum Aspirat bronha	1 radni dan
Legionella pneumophila antigen u urinu	Brzi imunoenzimski test (EIA)	Prvi mlaz prvog jutarnjeg urina	1 dan
PRETRAGE UZORAKA MEKIH TKIVA
Bakteriološka i mikološka pretraga uzoraka mekih tkiva (rana, dekubitus, tkivo)	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Aspirat rane Aspirat apscesa Bioptat tkiva Bris rane	7 radnih dana

Strugotine kože, vlasišta, nokata mikološki	Kultivacija MALDI TOF identifikacija kvasaca Identifikacija plijesni Direktni mikroskopski preparat	Strugotine kože, vlasišta, nokata, vlasi	21 dan
PRETRAGE PRIMARNO STERILNIH UZORAKA
Bakteriološka i mikološka pretraga punktata	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Punktat zgloba Pleuralni punktat Peritonealni punktat Perikardijalni punktat Ascites	7 radnih dana
Bakteriološka pretraga sadržaja abdomena, žučnjaka i intraoperativnih uzoraka	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Sadržaj abdomena Sadržaj žučnjaka Intraoperativni uzorci	7 radnih dana
Sadržaj želuca bakteriološki (nadzorna kultura kod novorođenčadi)	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Sadržaj želuca	5 radnih dana
Bakteriološka i mikološka pretraga vrha intravaskularnog katetera	Maki/semikvantitativna metoda valjanjem Kvantitativna kultura lumena katetetra Identifikacija MALDI TOF Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Vrh intravaskularnog katetera	4 radna dana za bakteriološke pretrage 6 radnih dana za mikološke pretrage
Bakteriološka i mikološka pretraga likvora	Kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija i kvasaca Mikroskopski preparat Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Likvor	7 radnih dana
Sindromska kvalitativna multipleks molekularna dijagnostika za detekciju uzročnika meningitisa/encefalitisa (bakterije, virusi, gljive) PCR multiplex MENINGITIS/ ENCEFALITIS PANEL	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (MULTIPLEX PCR)	Likvor	1 radni dan
Bakteriološke pretrage krvi u dijagnostici sepse (hemokultura)	Aerobna i anaerobna kultivacija MALDI TOF identifikacija bakterija Mikroskopski preparat hemokultura u kojima je detektiran pozitivitet Testiranje osjetljivosti na antibiotike	Krv	7 radnih dana
Mikološke pretrage krvi u dijagnostici sepse (hemokultura)	Aerobna i anaerobna kultivacija MALDI TOF identifikacija -Mikroskopski preparat Testiranje osjetljivosti na antimikotike	Krv	7 radnih dana
Sindromska kvalitativna multipleks molekularna dijagnostika za detekciju uzročnika sepse i gena za antimikrobnu rezistenciju (bakterije, gljive, geni za rezistenciju) PCR multiplex HEMOKULTURA PANEL	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (MULTIPLEX PCR)	Pretraga moguća samo iz hemokultura u kojima je detektiran pozitivitet	1 radni dan
Sindromska kvalitativna multipleks molekularna dijagnostika za detekciju uzročnika infekcije zglobova i gena za antimikrobnu rezistenciju (bakterije, gljive) ZGLOBNA TEKUĆINA PANEL	Lančana reakcija polimeraze u stvarnom vremenu (MULTIPLEX PCR)	Zglobna tekućina	1 radni dan
Kontrola sterilnosti krvnih pripravaka	Kultivacija MALDI TOF identifikacija	Krvni pripravci	9 radnih dana
Kultura hemodijaliznih tekućina bakteriološki i mikološki	Kultivacija MALDI TOF identifikacija	Dijalizat	7 radnih dana
Dijagnostika komadića kosti bakteriološki i mikološki	Kultura u komercijalnoj tekućoj podlozi MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti	Komadić kosti (za koštanu banku)	21 dan
Nadzorne kulture na MRSA i KPC, KRE i ostale višestruko otporne bakterije	Kultivacija MALDI TOF identifikacija Testiranje osjetljivosti	Bris nosa, bris, ždrijela, bris perineuma, uzorak stolice, rektalni/perirektalni bris, urin kod kateteriziranih bolesnika te bris rane kod bolesnika s ranama	4 radna dana
Biološka kontrola sterilizacije	Kultivacija MALDI TOF identifikacija	Biološka kontrola sterilizacije (suha, vlažna, plin)	7 radnih dana
Uzorci nežive okoline bakteriološki i mikološki	Kultivacija, identifikacija (MALDI TOF)	Uzorci nežive okoline	7 radnih dana
Mikrobiološka provjera dezinfekcije endoskopa	Kultivacija MALDI TOF identifikacija	Bris vanjske površine endoskopa Ispirak radnog kanala	4 radna dana
Određivanje mikrobiološke čistoće zraka	Metoda taložne ploče/4 sata (promjer 90 mm) Identifikacija i kvantifikacija Metoda uzorkovanja biokolektorom	Okolišni zrak	7 dana
SEROLOŠKE PRETRAGE
Serološke pretrage za dijagnostiku reumatoidnih stanja: AST-O; ASTA; CRP; RF	Nefelometrija/Mispa	Serum	Isti ili sljedeći radni dan
Određivanje VCA/EA IgG protutijela na virus Epstein-Barr	Imunoenzimski test s očitanjem fluorescence (ELFA)	Serum	Isti ili sljedeći radni dan
Određivanje EBNA IgG protutijela na virus Epstein-Barr	Imunoenzimski test s očitanjem fluorescence (ELFA)	Serum	Isti ili sljedeći radni dan
Određivanje VCA IgM protutijela na virus Epstein-Barr	Imunoenzimski test s očitanjem fluorescence (ELFA)	Serum	Isti ili sljedeći radni dan
Određivanje IgM protutijela na Borrelia burgdorferi	Imunoenzimski test s očitanjem fluorescence (ELFA)	Serum	Isti ili sljedeći radni dan
Određivanje IgG protutijela na Borrelia burgdorferi	Imunoenzimski test s očitanjem fluorescence /ELFA)	Serum	Isti ili sljedeći radni dan

Za potrebe obavljanja navedenih poslova obavlja se: prijem pacijenata, uzimanje uzoraka, preuzimanje donesenih uzoraka, razvrstavanje i protokoliranje, obrada uzoraka, mikroskopiranje, kultivacija, pregledavanje kultura, izvođenje testova za identifikaciju primjenom različitih metoda, testiranje osjetljivosti patogena na antimikrobne lijekove, interpretacija i javljanje nalaza kliničaru te davanje preporuka za antimikrobnu terapiju, davanje preporuka o izboru pretrage, vrsti uzorka i pravilnom načinu uzimanja i postupanja s uzorkom, priprema različitih vrsta hranjivih medija te kontrolu sterilnosti, hranjivosti ili selektivnosti hranjivih medija, osiguranje i kontrola kvalitete rada, obrada podataka, provođenje postupaka dekontaminacije, dezinfekcije i sterilizacije te kemijska, fizikalna i biološka kontrolu postupaka sterilizacije, provođenje sigurnosnih mjera zaštite na radu, postupanje s medicinskim otpadom sukladno sa zakonskom regulativom i ostali poslovi u radu mikrobiološkog laboratorija.

Aktivnosti

Ostale stručne aktivnosti Djelatnosti:

praćenje rezistencije bakterija na antibiotike u organizaciji Akademije medicinskih znanosti Republike Hrvatske na nacionalnoj i na lokalnoj razini
sudjelovanje u radu Povjerenstva i tima za kontrolu bolničkih infekcija u pojedinim bolnicama u županiji
sudjelovanje u međunarodnom projektu za praćenje osjetljivosti najčešćih invazivnih uzročnika na antimikrobne lijekove ( EARS-Net)
slanje izvješća o izvršenim mikrobiološkim pretragama u Hrvatski zavod za javno zdravstvo i u Djelatnost javnog zdravstva i socijalne medicine našeg Zavoda za Statistički godišnjak Varaždinske županije
slanje laboratorijskih prijava o izolaciji uzročnika zaraznih bolesti u Djelatnost za epidemiologiju
sudjelovanje u projektu praćenja bakterijskih meningitisa u Republici Hrvatskoj
suradnja s Referentnim centrima za pojedina područja kliničke mikrobiologije
suradnja sa Srednjim medicinskim školama Varaždinske županije u cilju edukacije novih zdravstvenih kadrova
edukacija i kontinuirano usavršavanje zdravstvenih radnika

Aktivnosti na području praćenja kvalitete

Djelatnost provodi brojne aktivnosti u osiguranju kvalitete rada prema pravilima dobre laboratorijske prakse kroz sustav unutarnje i vanjske kontrole kvalitete. Laboratorij sudjeluje u nacionalnom programu za praćenje rezistencije na antibiotike u Republici Hrvatskoj u organizaciji Odbora za paćenje rezistencije bakterija u Republici Hrvatskoj kao i u programu europske mreže nadzora nad antimikrobnom rezistencijom, EARS-Net. Mikrobiološki laboratorij bira laboratorije koji organiziraju procjenu vanjske kontrole kvalitete na temelju prepoznate kvalitete njihovih usluga (npr. akreditacija nacionalnih agencija za akreditaciju, akreditacija prema normi HRN EN ISO/IEC 17043). Primjer takvih laboratorija su UK NEQAS, Labquality, QCMD, između ostalih.

Djelatnost je akreditirana od 2018. godine po normi HRN EN ISO 15189, Medicinski laboratoriji – Zahtjevi za kvalitetu i osposobljenost. Ispitivanja i postupci usklađeni su s Normom, te s postupcima ispitivanja koji se temelje na europskim i svjetskim standardima. Upravljanje kvalitetom i kontinuirano poboljšanje kvalitete osigurava pouzdanost i točnost rezultata pretrage te zadovoljstvo naših korisnika.